لاک پشت های نینجا تنها و در حال فرار هستند. لئوناردو رهبری است که هیچ کس را ندارد رهبری اش کند. حالا لئو باید جلوی بیشاپ و مکازویدهایش را بگیرد و برادرهایش را نجات دهد.

مایکی برای نجات برادرهایش به کمک کارآموز بیشاپ، راد، نیاز دارد. اما راد در عوض می خواهد تبدیل به یک جهش یافته شود. مایکی برای حل دردسر باید مسئولیت پذیر شود.

وقتی رالف بین مکازویدها و یک دارودسته بدنام خیابانی معروف به اژدهایان بنفش گرفتار می شود، قدرتش به کار او نمی آید و این بار باید از عقلش استفاده کند.

دانی برای متوقف کردن مکازویدهای بیشاپ در متروی نیویورک سیتی این در و آن در می زند. اما چه طور می توان یک هوش مصنوعی را شکست داد که هر حرکت را خنثی می کند؟

رگ و ریشه زنی معروف به بیشاپ معلوم می شود. چرا او از جهش یافتگان متنفر است؟ راز مکازویدها چیست؟ و در شبی که لاک پشت ها به دام بیشاپ افتادند، دقیقاً چه اتفاقی افتاد؟

لاک پشت ها برای مبارزه با بیشاپ آماده می شوند اما او کاملاً آماده رویارویی با آن هاست. وقتی مکازویدها از کنترل خارج می شوند، آیا لاک پشت ها می توانند بشریت را نجات دهند؟

لاک پشت ها و حیوانات جهش یافته در طوفان قرن گرفتار شده اند. اما وقتی گروه جدیدی از جهش یافتگان دریایی شهر را تهدید می کنند، رالف مجبور می شود از کلماتش استفاده کند.

مایکی و جنگیس فراگ برای تهیه آذوقه به بازار محلی می روند و در راه با یک مارماهی برق دار به نام لی بر می خورند. حالا مایکی باید پا پیش بگذارد و رهبر شود.

وقتی سیل به پناهگاه می آید، ایپریل برای نجات اسپلینتر می رود؛ اما او فاضلاب را رها نمی کند. اوضاع وقتی بدتر می شود که یک جهش یافته به نام گولدفین با هشدارِ «از سر راهم کنار بروید» از راه می رسد.

دانی و وینگات برای برگرداندن برق به پناهگاه می روند اما به دام «رودخانه شرقی 3» می افتند. آب در حال بالا آمدن است و آن ها تنها نیستند! یک هیولا آن پایین با آن هاست.

اسب دریایی جهش یافته ای به نام ماستانگ سالی قرار است در شهر سیل به راه بیندازد و تنها موانع سر راهش لئو و کبوتر پیت هستند. رهبر بودن آن قدرها که دیگران فکر می کنند جالب نیست.

«رودخانه شرقی 3» در آستانه پیروزی است. لاک پشت ها و حیوانات جهش یافته باید برای متوقف کردن آن ها با هم متحد شوند؛ اما هیچ چیز آن گونه که به نظر می رسد نیست. «مروارید» چیست و چرا گولدفین آن را می خواهد؟