بعد از آنکه موش بی باک کل لندن را خراب و سرویس مخفی را ورشکست می کند، کلنل کی او را اخراج می کند. خیلی زود موش های ماشینی امنیت که بارون سیلاس گرینبک اختراع کرده جای او را می گیرند.

پنفولد اصرار دارد که یک تعطیلات بدون ماموریت داشته باشند، بنابراین موش بی باک قبول می کند که سوار کشتی تفریحی شوند. اما بارون گرینبک ماشینی ساخته که حیوانات دریایی معمولی را تبدیل به هیولاهای دریایی می کند.

درحالیکه پروفسور اسکواکنکلاک در جشنواره به سر می برد، گیاه کوچکی در آزمایشگاهش بزرگ می شود و همه جهان را گرفتار می کند چون موش بی باک اصرار دارد که از او مراقبت کند.

در کنفرانس سالانه مخترعان نابغه، پنفولد اتفاقی یک تراشه هوش مصنوعی کوانتوم را داخل دستشویی می اندازد. این کار باعث می شود تراشه زنده شود و یک انقلاب به پا کند.

دختر کوچکی به نام دان برنده مسابقه ای شده که جایزه اش گذراندن یک روز در آزمایشگاه پروفسور اسکواکنکلاک است.

پروفسور اسکواکنکلاک از اینکه موش بی باک همیشه ابزارهایش را می شکند خسته شده است؛ به همین خاطر یک سیستم امنیتی راه اندازی می کند.

وقتی پنفولد در اسپایدروب جهانی که اینترنت را تامین می کند اخلال ایجاد می کند، عنکبوت بزرگی که آن را ساخته عصبانی می شود و به زمین حمله می کند.

چراغ های راهنمایی قرمز در تمام جهان روشن می شوند و جلوی هر کس و هر چیز که سر راهشان باشد می گیرند. این بخشی از نقشه بارون وان گرینبک است تا جلوی چرخش زمین را بگیرد.

موش بی باک تبدیل به قهرمانی بین کهکشانی می شود و موجودات فرازمینی برای دیدن او به زمین هجوم می آورند.

گرینبک از دولت آمریکا چیزی دزدیده که با فشار دادن یک دکمه آن، کل یک کشور را می توان به مکان دیگری منتقل کرد. موش بی باک باید با همتای آمریکایی خود موش خطر همکاری کند.

در سال 1983، مامور کی برچ بدبوی را که می خواست بریتانیا را نابود کند شکست داد. حالا بدبوی فرار کرده و این بار می خواهد کل دنیا را نابود کند.

شهاب سنگی غول آسا نزدیک است که جهان را نابود کند. پروفسور اسکواکنکلاک پیشنهاد می کند که با استفاده از یکی از اختراعاتش اندازه شهاب سنگ را کوچک کند.

اطلاعاتی از میان مامور های بی باک به بیرون درز پیدا کرده و موش بی باک باید بفهمد خائن کیست.

روز ارزیابی سالانه موش بی باک فرا رسیده و با ملاقات با بزرگ ترین طرفدارش همراه شده است.

کوارک موش بی باک و موش خطر (به همراه پنفولد) را به سیاره دیگری فرستاده تا در اولین مبارزه بین کهکشانی با یکدیگر مسابقه دهند.

اسنومن باید ثابت کند که در گروه بزرگ ابر تبهکاران است. او کلاه جادویی بابانوئل را می دزدد تا کریسمس را به تعویق بیندازد، شاید برای همیشه.

کینگ کانگ برونل از یک ماشین زمان استفاده می کند تا مطمئن شود همه اختراعات بزرگ تاریخ هرگز اختراع نمی شوند تا بتواند به جای آن ها، اختراعات به درد نخور خودش را بگذارد.

پروژه جدید پروفسور اسکواکنکلاک هوش همه ماموران بی باک را افزایش می دهد حتی پنفولد. اما بارون گرینبک با پروژه احمق سازی خود در برابر آن می ایستد.

بارون گرینبک موش خبیث، همتای خبیث موش بی باک، را به جهان می فرستد.

بارون گرینبک اتفاقی گاز ذهن پاک کن خودش را استنشاق می کند. موش بی باک بارون را به خانه اصلی اش، روستای گرینبک، می فرستد تا قبل از آنکه بقیه گاز آزاد شود، خاطراتش را به دست بیاورد.

کونت داکولا تمام مردم ترنسیلوانیا را با برنامه هیپنوتیزمش تبدیل به سبزیجات می کند.

موش بی باک می خواهد یک جشن تولد غافلگیرانه برای پروفسور اسکواکنکلاک برگزار کند اما بارون گرینبک در تمام هدیه ها، کارت ها و کیک های تولد تله انفجاری گذاشته است.

مادر پروفسور اسکواکنکلاک می خواهد به او سری بزند درحالیکه هیولای زباله ای بزرگی دارد تمام زباله های لندن را در خود می کشد.

بیگ هد برنامه ریزی مجدد شده و نامش به بیگ هد دو تغییر یافته است. او همه تبهکاران جهان را دستگیر می کند و آن ها را در زندانی فوق امنیتی زندانی می کند، بعد دلایلی برای زندانی کردن همه ماموران بی باک پیدا می کند.